Berbicara tentang pelaksanaan penataan ruang tak hanya soal perencanaan, namun bagaimana pengendalian pemanfaatan ruang dapat diwujudkan. Hal ini demi mewujudkan tata ruang yang tertib sehingga pemanfaatan ruang dilakukan sesuai dengan Rencana Tata Ruang (RTR) yang telah ditetapkan. Peraturan Pemerintah Nomor 21 Tahun 2021 tentang Penyelenggaraan Penataan Ruang beserta turunannnya dalam Peraturan Menteri Agraria dan Tata Ruang/Kepala Badan Pertanahan Nasional Nomor 21 Tahun 2021tentang Pelaksanaan Pengendalian Pemanfaatan Ruang dan Pengawasan Penataan Ruang dalam menyatakan bahwa pengendalian pemanfaatan ruang dilaksanakan untuk mendorong setiap orang agar mentaati RTR yang telah ditetapkan, memanfaatkan ruang sesuai dengan RTR, dan mematuhi ketentuan yang ditetapkan dalam persyaratan KKPR.

Pengendalian pemanfaatan ruang dilakukan melalui beberapa bagian, yakni penilaian pelaksanaan kesesuaian kegiatan pemanfaatan ruang, penilaian perwuiudan RTR, pemberian insentif dan disinsentif, serta pengenaan sanksi dan penyelesaian sengketa penataan ruang.

Pengendalian pemanfaatan ruang dapat dilaksanakan dengan melibatkan kelompok masyarakat, forum penataan ruang, asosiasi profesi, dan lainnya. Pelaksanaan pengendalian pemanfaatan ruang juga dapat dilakukan dengan menggunakan pengembangan inovasi teknologi, yaitu berupa pengaduan online, sistem teknologi informasi, dan lainnya.
Penilaian Pelaksanaan Kesesuaian Pemanfaatan Ruang
Penilaian pelaksanaan kesesuaian kegiatan pemanfaatan ruang dilaksanakan untuk memastikan kepatuhan pelaksanaan ketentuan KKPR serta memastikan pemenuhan prosedur perolehan KKPR. Pelaku UMK juga diharuskan membuat pernyataan mandiri untuk memastikan kebenaran pernyataan mandiri, apabila ditemukan ketidaksesuaian, maka akan dilakukan pembinaan. Penilaian KKPR dilakukan pada 2 periode, yakni:
- selama pembangunan, yang dilakukan untuk memastikan kepatuhan pelaksanaan dalam memenuhi ketentuan dalam KKPR. Dilakukan paling lambat 2 tahun sejak diterbitkannya KKPR. Apabila ditemukan ketidaksesuaian, maka harus dilakukan penyesuaian terhadap kegiatan pemanfaatan ruang.
- pasca pembangunan, yang dilakukan untuk memastikan hasil pembangunan sesuai dengan ketentuan dokumen KKPR. Apabila ditemukan ketidaksesuaian, maka dilakukan pengenaan sanksi.
Penilaian Perwujudan RTR
Penilaian perwujudan RTR dilakukan dengan melakukan penilaian perwujudan struktur dan pola ruang, yakni terhadap kesesuaian program, kesesuaian lokasi, dan kesesuaian waktu pelaksanaan kegiatan pemanfaatan ruang. Pada penilaian terhadap perwujudan struktur ruang, dilakukan penyandingan pelaksanaan program pembangunan pusat-pusat permukiman dan sistem jaringan prasarana. Sedangkan penilaian terhadap perwujudan pola ruang, dilakukan penyandingan pelaksanaan program pengelolaan lingkungan, pembangunan berdasarkan perizinan berusaha, dan hak atas tanah. Hasil penilaian akan terbagi menjadi 3, yakni muatan rencana yang terwujud, muatan yang belum terwujud, dan pelaksanaan program yang tidak sesuai dengan muatan rencana struktur/pola ruang.

Terhadap hasil penilaian, dilakukan pula pengendalian implikasi kewilayahan untuk membantu terwujudnya keseimbangan pengembangan wilayah yang telah tertuang di dalam RTR. Adapun pengendalian implikasi dilakukan pada zona kendali (zona dengan konsentrasi kegiatan Pemanfaatan Ruang atau dominasi kegiatan Pemanfaatan Ruang tertentu yang tinggi dan berpotensi melampaui daya dukung dan daya tampung) dan zona yang didorong (zona dengan konsentrasi kegiatan Pemanfaatan Ruang dan/atau dominasi kegiatan pemanfaatan ruang tertentu yang sangat rendah yang perlu dittngkatkan perwujudannya sesuai diengan RTR). Kegiatan dilaksanakan dengan membatasi konsentrasi Pemanfaatan Ruang tertentu pada wilayah tertentu yang tidak sesuai dengan skenario perwujudan RTR dan dominasi kegiatan pemanfaatan ruang tertentu.
Kegiatan penilaian perwujudan RTR dilakukan secara periodik dan terus menerus, yaitu setiap 1 kali per 5 tahun dan 1 tahun sebelum peninjauan kembali RTR. Namun dapat pula dilakukan apabila terdapat perubahan kebijakan yang bersifat strategis nasional.
Pemberian Insentif dan Disinsentif
Pemberian insentif dan disinsentif dilakukan untuk:
- meningkatkan upaya pengendalian pemanfaatan ruang dalam rangka mewujudkan tata ruang sesuai dengan RTR;
- memfasilitasi kegiatan pemanfaatan ruang agar sejalan dengan RTR; dan
- meningkatkan kemitraan semua pemangku kepentingan dalam rangka pemanfaatan ruang yang sejalan dengan RTR

Insentif merupakan perangkat untuk memotivasi, mendorong, memberikan daya tarik, atau memberikan percepatan terhadap kegiatan pemanfaatan ruang yang memiliki nilai tambah pada zona yang perlu didorong pengembangannya. Sedangkan disinsentif merupakan perangkat untuk mencegah atau memberikan batasan terhadap kegiatan Pemanfaatan Ruang yang sejalan dengan RTR dalam hal berpotensi melampaui daya dukung dan daya tampung lingkungan.
Pengenaan Sanksi dan Penyelesaian Sengketa
Pengenaan sanksi dan penyelesaian sengketa dilakukan berdasarkan hasil kegiatan audit tata ruang terlebih dahulu. Apabila terbukti melakukan ketidaksesuaian kegiatan pemanfaatan ruang dengan RTR, maka akan dilakukan proses penyelesaian. Perbuatan tidak menaati RTR akan berakibat pada berubahnya fungsi ruang sehingga secara langsung telah melanggar peraturan perundangan.
